Чтобы замечательная среда разработки для PHP, Java и т.д NetBeans поддерживала кодировку utf-8 надо в конфиге программы netbeans.conf (C:\Program Files\NetBeans 7.0\etc\netbeans.conf - в MS Windows) в параметре netbeansdefaultoptions дописать, отделив пробелом:
-J-Dfile.encoding=UTF-8Актуально для NetBeans 7.0